Der Reformation im 16. Jahrhundert, den Klosteraufhebungen durch Kaiser Joseph II. im 18. Jahrhundert und der Säkularisation Anfang des 19. Jahrhunderts fielen viele Chorherrengemeinschaften zum Opfer. Im ausgehenden 19. und beginnenden 20. Jahrhundert schlossen sich einzelne Chorherrengemeinschaften zu Kongregationen zusammen (z.B.: die Österreichische Kongregation 1907).
Genau 900 Jahre nach der Römischen Synode 1059 (siehe oben) gründeten 1959 die unterschiedlichen Kongregationen die Konföderation der Augustiner-Chorherren, der heute neun Kongregationen angehören und die als Dachverband dieser Kongregationen verstanden werden kann. So weiß sich der Orden der Augustiner-Chorherren "in Einheit mit der Universalkirche", er unterstützt das Leben, die Pläne und die Anliegen der Gesamtkirche und "wirkt so am Aufbau des ganzen mystischen Leibes Christi und am Wohl der Teilkirchen mit" (Konstitutionen der Österreichischen Augustiner-Chorherren-Kongregation).
Die Kongregation der Österreichischen Augustiner-Chorherren wurde 1907 gegründet und ist der Zusammenschluss der Augustiner-Chorherrenstifte:
- St. Florian (Oberösterreich),
- Herzogenburg (Niederösterreich),
- Klosterneuburg (Niederösterreich),
- Neustift (Südtirol),
- Reichersberg (Oberösterreich) und
- Vorau (Steiermark).
An der Spitze der Kongregation steht der auf jeweils fünf Jahre gewählte Generalabt. Sein Stellvertreter ist der so genannte Konvisitator.
Generaläbte seit 1907:
1907 – 1920 Joseph Sailer, St. Florian
1920 – 1937 Josef Kluger, Klosterneuburg
1937 – 1953 Alipius Linda, Klosterneuburg
1954 – 1987 Gebhard Koberger, Klosterneuburg
1987 – 2002 Wilhelm Neuwirth, St. Florian
2002 – 2017 Bernhard Backovsky, Klosterneuburg
2017 – 2024 Johann Holzinger, St. Florian
seit 2024 Eduard Fischnaller, Neustift