Eine kaiserliche Residenz, die die Funktionen von Kloster und Herrscherpalast in sich vereinigen sollte: Kaiser Karl VI. hatte mit dem Stift Klosterneuburg wortwörtlich Großes vor. Ab 1730 sollte in Klosterneuburg die gigantischste aller barocken Klosteranlagen entstehen. Vorbild war der Escorial bei Madrid. Verwirklicht wurde zu Lebzeiten des Kaisers aber nur ein Achtel der geplanten Anlage, darunter die prachtvoll eingerichteten Kaiserzimmer.
Kaiserzimmer
Bei den Kaiserzimmern handelt es sich um unverändert erhaltene imperiale Gemächer aus der Barockzeit. Der italienische Architekt Donato Felice d’Allio entwarf die Innenausstattung der Räume.
Die Raumfolge der Kaiserzimmer entspricht dem spanischen Hofzeremoniell. Das bedeutet, je näher man mit dem Kaiser stand, desto weiter durfte man vordringen: Beginnend im Marmorsaal bis hin zum Schlafzimmer des Kaisers und seiner Frau Elisabeth Christine von Braunschweig-Wolfenbüttel. Karl VI. konnte seine Appartements nur ein einziges Mal bewohnen. Er übernachtete hier von 14. auf 15. November 1739 im Zuge der Hofwallfahrt an das Grab des hl. Leopold. Im Jahr darauf verstarb er im Alter von 55 Jahren. Die Bauarbeiten wurden nach seinem Tod eingestellt, weil weder seine Tochter und spätere Nachfolgerin Maria Theresia noch die Augustiner-Chorherren des Stiftes Interesse an einer Weiterführung hatten.
Marmorsaal
Der Marmorsaal, der Empfangsraum des Kaisers mit der riesigen Kuppel und dem großzügig angelegten Balkon sollte der Mittelpavillon der Hauptfassade des barocken Kaiserbaus werden. Fertig gestellt wurde der Saal erst 1860. Das Fresko in der Kuppel wurde 1749 von Daniel Gran gemalt und stellt eine Allegorie auf die Glorie des Hauses Österreich dar
Sala terrena
Damit blieb auch die Sala terrena, der Gartensaal, unvollendet. In diesem Raum hatte Hofbildhauer Lorenzo Mattielli (1688 – 1748) acht tragende Atlanten geschaffen, doch sonst existiert nur das nackte Mauerwerk. Mit dem Bau der Tiefgarage und der Biomasse-Fernheizung wurde in der Sala terrena ein neuer Besucherempfang geschaffen, der 2006 in Betrieb genommen und mit dem Denkmalschutzpreis der Europäischen Union, dem Europa Nostra Award, ausgezeichnet wurde.