Das Stiftsmuseum befindet sich in den sogenannten Erzherzogenzimmern im 2. Stock des Kaisertrakts. In nicht weniger als 12 Sälen wird ein Querschnitt durch die Sammlungen des Stiftes geboten. Von überregionaler Bedeutung ist vor allem der Bestand an spätgotischen Tafelbildern.
Das Stiftsmuseum
Der Babenberger Stammbaum
Herausragend ist der Babenberger Stammbaum (1489/92), ein nicht weniger als 8 m breiter Triptychon, der ursprünglich an der Grabstätte des hl. Leopold zur Information der Pilger aufgestellt war. Das riesige Gemälde wurde vom Stift Klosterneuburg nach der Heiligsprechung Leopolds III. im Jahr 1485 in Auftrag gegeben, um dem Volk den neuen Landesheiligen nahe zu bringen und es zugleich mit seiner Familiengeschichte vertraut zu machen. Die Arbeiten am gewaltigen Triptychon dauerten bis 1492. Der Mittelteil zeigt jeden männlichen Vertreter der Dynastie in einer typischen Szene seines Lebens (darin enthalten sind zahlreiche historisch wertvolle Stadtansichten). Auf den Seitenflügeln befinden sich die Porträts der Ehefrauen und Töchter.
Tafelbilder von Rueland Frueauf d. J.
Zu den bekanntesten Kunstwerken des Stiftes zählen die Werke von Rueland Frueauf dem Jüngeren, allesamt zwischen 1496 und 1507 entstanden, besonders die vier Tafeln der Schleierlegende. Herausragend sind die vier Tafeln mit Szenen aus der Schleierlegende, der Gründungslegende des Stiftes. Die Bilder bestechen vor allem durch ihren großen Detailreichtum. Zumal in der Behandlung der Landschaft wurden hier gänzlich neue Wege eingeschlagen. Die zweite Tafel, die „Sauhatz“, gilt als älteste realistische Landschaftsdarstellung in der österreichischen Malerei.
Ein Saal ist der Sammlung von Renaissance-Bronzen gewidmet. Es ist eine der reichsten ihrer Art in Österreich. Höhepunkte der barocken Kunst sind die Bleistatuette „Merkur und Amor“ von Georg Raphael Donner und Gemälde von Johann Michael Rottmayr, Paul Troger, Martin Johann Schmidt („Kremser Schmidt“) und Franz Anton Maulbertsch.
